Gegen Algen am Zimmerbrunnen helfen wenig Licht und frisches Wasser. Algen leben von Licht und Nährstoffen aus der Luft. Genau hier setzt man an, wenn man das Algenwachstum verhindern oder bremsen will. Den Brunnen in eine nicht allzu helle Ecke stellen und das Wasser regelmässig wechseln, damit sich dort keine Nährstoffe ansammeln können. Besonders zu empfehlen sind, destilliertes Wasser oder Regenwasser.

Wenn es das Material des Brunnens und der Pumpe vertragen, kann auch ein wenig Kochsalz oder Essig ins Wasser gegeben werden. Als Alternativen haben Hörer und Hörerinnen empfohlen, kleine Kupferteile ins Wasser zu legen oder etwas Frischmilch beizumischen.